Bei Recherchen der Financial Times Deutschland wurde bekannt, dass es Verunreinigungen mit gentechnisch veränderter Baumwolle bei zertifizierter Ökoware gibt. Schon im April 2009 ist die indische Agrarbehörde Apeda westlichen Zertifizierungsfirmen wie Ecocert (Frankreich) und Control Union (Niederlande) auf die Schliche gekommen, gemeinsam mit etlichen Dörfern gentechnisch veränderter Baumwolle als Biobaumwolle in den Handel gebracht zu haben. Eigentlich sind die privaten Zertifizierer vom Textilhandel damit beauftragt, die Ökostandards zu prüfen. Control Union arbeitet auch für die Großhändler H&M, Tchibo und C&A. Nun liegt der Verdacht nahe, dass die Bio-Baumwollproduktlinien dieser Händler nicht gentechnikfrei sind, denn aus Indien kommt rund die Hälfte der gesamten Biobaumwolle. Tchibo hat angekündigt, ihre Ware im Labor testen zu lassen. H&M hat seinen Zertifizierer telefonisch ermahnt, einen solchen Fehler nicht zu wiederholen und bewirbt seine Produkte weiterhin "100 Prozent ökologisch angebaute Baumwolle". Die Bundestagsfraktion Bündnis 90/Die Grünen bemängelt, dass Baumwolltextilien weder in der EU-Ökoverordnung noch in den gesetzlichen EU-Regelungen der Food/Feed-Verordnung berücksichtigt wurden. Eine Kennzeichnung von Gentechnik-Baumwolle ist beispielsweise nicht vorgeschrieben.