Laut einer Fallstudie über Brasilien des Swedish Institute for Food and Biotechnology wird bestätigt, dass der Verbrauch von Pflanzenschutzmitteln und die Bildung von resistenten Unkräutern seit der Einführung von Gentechnik-Soja deutlich gestiegen sind. Zu befürchten ist auch der Einsatz von veralteten, in Europa verbotenen Herbiziden wie Paraquat. Die Entwicklung von Gentechnik-Pflanzen mit Mehrfach-Resistenzen bietet dafür keine Lösung. Der überwiegende Einsatz von Gentechnik-Soja in den Hauptanbauländern USA, Argentinien und Brasilien zeichnet sich durch sein einseitiges Unkraut-Management und einer fehlenden Bodenbearbeitung aus. Beides begünstigt die Bildung von resistenten Unkräutern. Seit dem Jahr 2007 ist der Import von Europa nach Brasilien von Paraquat, einem hoch toxischen Herbizid von 0 auf 66 Mio. kg im Jahr 2009 gestiegen. Ein Indiz für den vermehrten Einsatz des Herbizids, welches seit 2007 in Europa verboten ist. Dass auch die Hersteller selbst das Resistenzproblem bei den Unkräutern ernst nehmen, zeigt das Roundup Ready Plus Progamm von Monsanto. Die Firma übernimmt die Kosten für einen zusätzlichen Herbizideinsatz beim Pflanzen von glyphosat-resistenter Gentechnik-Soja. Auch bei mehrfachresistenter Gentechnik-Soja stellen sich auf Dauer Resistenzprobleme ein. Die Studie empfiehlt den Einsatz von Herbiziden mit unterschiedlichen Wirkmechanismen, die auf Grund der Monopol-Stellung von Gentechnik-Soja wenig weiterentwickelt wurden. Vor allem müssen alternative Anbausysteme verstärkt eingesetzt werden.