Zum 1.1.2009 wird die bisherige EU-Öko-Verordnung 2092/91 durch die neue Öko-Basisverordnung 834/20071 und ihre Durchführungsverordnungen abgelöst. Die Anwendung von Gentechnik bleibt weiterhin klar verboten, doch wird das Verbot präzisiert: Weder gentechnisch veränderte Organismen selbst noch aus GVO oder durch GVO hergestellte Erzeugnisse dürfen eingesetzt werden. Es gibt lediglich zwei Ausnahmen. Der Bund Ökologische Lebensmittelwirtschaft (BÖLW) hat die wichtigsten Änderungen zusammengefasst.