Die Kontrolle des Gentechnikverbots in der Herstellung von Bio-Produkten stellt aus Sicht der Europäischen Kommission kein Problem dar. Dies geht aus einem Bericht der Kommission an EU-Parlament und -Rat hervor, für den von den Mitgliedstaaten beantwortete Fragebögen ausgewertet wurden.

Anders wird allerdings die Situation bei Futtermitteln bewertet. Hier sei das Risiko zufälliger Verunreinigungen mit Gentechnik „besonders groß.“ Futtermittel für die Fleischproduktion, die oft aus den USA oder Südamerika importiert werden, sind häufig aus gentechnisch verändertem Soja oder Mais hergestellt.